A origem do Ninjutsu ( Ninpo) remonta a antiga china, durante o ano 500 a.C.; Sun Tzu, filósofo, general e estrategista militar, do qual escreveu um livro que englobava estratégias de guerra. A obra intitulada de “A Arte da Guerra” descrevia as táticas que um general deveria adotar para vencer qualquer batalha, e a mesma dava ênfase a utilização de espiões em todos os seus setores de combate.

Baseados nas estratégias deste livro, os Ninjas teriam desenvolvido suas técnicas e características de luta, levando uma vida mística, afastados da nascente sociedade feudal japonesa. A primeira aparição Ninja vem do final do século VI, quando a imperatriz Suiko e o príncipe Shotoku , utilizaram espiões contra um usurpador do trono chamado Moriya.

Nomes como Mijinki, Mikooto, Otomo no Saizin e Enzo Ozano foram os primeiros que puderam ser chamados de Ninjas, os famosos espiões das sombras.

Em seu reinado, Shotoku assume a regência e promove diversas mudanças administrativas no Japão. Buscando inovações, Shotoku Taishi torna-se adepto do Budismo e com entusiasmo dedica-se para difundir a doutrina de Buda por todo o Japão, possuindo até mestres Budistas trazidos da Coreia para ensinar-lhe os ensinamentos Búdicos.

Vários Monges e estudiosos Coreanos fixam residência no Japão. Os templos Budistas proliferam-se e as famílias aristocráticas disputaram a construção dos templos, entre si.

O período Nara (710) foi marcado por um governo centralizador e burocrático, beneficiado pelo estado, o budismo prosperou assim como a arquitetura e a escultura Oriental Nipônica. Como religião do estado, o budismo se expande em todas as direções e no mosteiro Todaiji (Nara) e construído um Buda de bronze de 16 metros de altura e 25 toneladas (752) .Como cada vez mais o Budismo foi fortalecendo-se e interferindo nas questões burocráticas do estado. A fim de romper com o sistema, optaram como solução pela mudança da capital; na qual Nara foi trocada por Heian (Kyoto).

O período Heian estendeu-se de 794  a 1185. O misticismo do Ninjutsu acentua-se com o surgimento da doutrina Shingon, do budismo fundado por Kobo Daishi (Kukai) no século Vll. Devido a inúmeras viagens pelo Oriente Kobo Daishi conheceu os ensinamentos dos Yoguis (Índia) e de Ajai - discípulo do lendário Daruma Taishi (Bodhidharma).

Os ensinamentos de Kobo Daishi formaram o Mikkyo, uma tradição oculta inspirada no tantra tibetano. Usando os gestos simbólicos das mãos e repetições de sons , os Ninjas concentravam poderes espirituais e energias na unificação do corpo e espírito. Para fugirem das perseguições políticas, alguns seguidores do Budismo Shingon habitaram as montanhosas regiões do Japão denominadas de Iga e Koga - a terra do Ninjutsu. Sendo chamados pelo povo japonês de Yamabushis (Guerreiros das Montanhas) e organizando- se em grupos, esses guerreiros abrigaram outros Budistas também perseguidos pelos aristocratas. Dividindo-se em famílias, durante quatrocentos anos, criando suas próprias leis e seus próprios códigos; devotando suas vidas ao crescimento dos Clãs ,das escolas Ninjas que ali habitavam, chegando a até mesmo a morrer pelo sucesso de suas missões.

Durante o período Kamakura (1.192-1.600), foi que se desenvolveram as principais Escolas de Ninjutsu, nas regiões próximas de Kyoto, que era então a sede de um governador militar do Japão. Para manter o seu governo, o Shogun foi obrigado a apoiar-se numa força militar extremamente sólida e leal a seu chefe. No interior de cada Clã, os Ninjas se organizavam hierarquicamente de maneira paralela a do Shogun e se tornaram potências temíveis em todo o Japão.

Os Clãs eram totalmente fechados, para evitar qualquer infiltração inimiga e para impedir o desmoronamento de toda a pirâmide em uma eventual captura. O chefe do Clã (Jonin) era praticamente desconhecido pela organização, pois somente o seu braço direito (intermediário/ Chunin), tinha acesso ao mesmo. Cada Chunin possuía certo número de Ninjas (Genin) para realizar suas missões operacionais. Esses Ninjas viviam dentro de uma disciplina rigorosa e eram treinados dentro da tradição guerreira de suas escolas e prontos a morrer sobre tortura caso traíssem sua organização ou seu chefe. No decorrer da idade média os Ninjas foram adquirindo poder, constituindo-se numa força cada vez mais importante e preocupante.

Porém o Shogun Oda Nobunaga (final de 1.600 período Kamakura) decidiu rompê-la, invadindo a província de Iga e Koga e fortalecido por seu exército de Samurais, aniquila os Ninjas após uma batalha desleal e sangrenta.

Tempos mais tarde, os Ninjas agruparam-se novamente e em memória de seus familiares que foram mortos na batalha contra os Samurais, preparam uma emboscada para Oda Nobunaga , na qual tiveram excelente êxito. Em seu poder Tokugawa Ieyasu , (Período Edo de 1.603 a 1.867) sobe ao trono do governo.

Os Ninjas dispersos retornaram com a tomada de Tokugawa Ieyasu, um dos Shogun mais representativos e temidos do Japão. Devido ao seu alto poder governamental, alguns Ninjas começam a trabalhar a favor do Shogun Tokugawa Ieyasu, no intuito de tomarem o poder do governo e edificarem novamente o seu clã. A operação oficial dos Ninjas no período Tokugawa foi durante a rebelião de Shimabara, porém não muito eficaz devido aos poucos Ninjas sobreviventes durante a guerra no período de Oda Nobunaga.

Em 1.868 (Período Meiji) findou-se o feudalismo japonês. Em 1.912 o imperador Meiji morre, tendo como sucessor o príncipe Yoshihito, imperador Taisho. Os Samurais começaram a desaparecer e os Ninjas voltaram para as sombras, ocultando suas tradições, costumes e segredos, revelando-os tão somente anos mais tarde do período Showa e aos tempos atuais. Em 1.918 o primeiro ministro Takashi assume o cargo, porém três anos foram suficientes para que um atentado contra o mesmo colocasse fim ao seu governo.

Em 1.926 (Período Showa), remetemo-nos naturalmente ao imperador Hiroito que teve um dos mais longos governos do Japão moderno (1.926 a 1.989). Hoje, atualmente o Ninjutsu vem fincando suas raízes em inúmeros países e conquistando novos adeptos, porém ainda assim, algumas escolas de Ninjutsu procuram manter as suas antigas tradições, respeitando o anonimato da Arte.